Attiecībā uz arheoloģisko izpēti Rīgā VKPAI Arheoloģijas un vēstures daļas vadītāja Sandra Zirne pirmkārt norāda vietu, kur no tilta nākošais dzelzceļa uzbērums Torņakalna sākumā piekļaujas 17. gadsimta zviedru laiku nocietinājumam Kobronskanstij. Pēdējie izrakumi tur veikti 2014. gadā, laikā, kad notika gatavošanās LU Dabaszinātņu akadēmiskā centra būvei. Toreiz arheologi konstatēja, ka dzelzceļa uzbērums nogriezis divus no bastionu izvirzītajiem galiem. Izpēte šajā vietā būs noteikti nepieciešama. Citviet izrakumi jāveic pie Sējas novada Murjāņu senkapiem un gar Ķekavas novada Sakaiņu pilskalna pakāji, jo dzelzceļa līnija stiepsies ļoti tuvu šiem pieminekļiem. Zirne piebilst, ka līdzšinējie izrakumi Sakaiņu pilskalna lēzenajā nogāzē, ko izmanto slēpošanas trasei, gan kultūrslāni nav uzrādījuši. Savukārt Tiniņkalna senkapus Salacgrīvas novada Liepupes pagastā līnija iespējami skars tikai pieminekļa aizsardzības zonā (pēc likuma tā ir 500 m no objekta). Nav apstiprinājušās arī arheologu aprindās agrāk dzirdētās bažas, ka līnija varētu nodarīt postu Rūju svētliepai Salacgrīvas novadā un Mūku kalnam Salaspils novadā. Tas nenotiks. 2
Kaitējums netiks nodarīts arī Daugmales pilskalnam – dzelzceļa trase atradīsies aptuveni puskilometru no pilskalna.
Lielais nezināmais ir iespējamie atradumi un “pārsteigumi” kā trases izpētes, tā būvniecības gaitā. Arheologa Mārtiņa Lūsēna ieskatā, problēmas varētu rasties Zemgalē, kur trases attīrīšanas gaitā ir visai lielas iespējas uzdurties kādam agrāk nezināmam kapulaukam. Var gadīties, ka būvnieku sastapšanās ar jaunu arheoloģijas pieminekli nozīmēs, ka arheologiem nāksies darboties lielā steigā, kas nozīmē nepietiekamu izpēti. Var pieaugt arī projekta izmaksas. VKPAI sagatavotajā izziņā pilnsabiedrība “RB Latvija” brīdināta, ka sarežģījumi gaidāmi vietās, kur būvējamā dzelzceļa līnija šķērsos Pirmā un Otrā pasaules kara pozīcijas un kauju vietas. “Tur jārēķinās, ka var būt nepieciešamas ekshumācijas un iespējami sprādzienbīstami priekšmeti,” skaidro Zirne. Ir runa par Limbažu novada Skultes pagastu, kur netālu no trases atrodas Otrā pasaules kara karavīru kapsēta pie Mandegām, par Pirmā pasaules kara karavīru kapsētām Sējas pagastā, pie Lielās Juglas un Daugavas Ropažu, Stopiņu un Salaspils novadā, tāpat Ķekavas, Baldones, Olaines un Iecavas novadā. Savukārt Bauskas novada Codes un Ceraukstes pagasta teritorijās pie Mēmeles upes līnija šķērsos Otrā pasaules kara cīņu vietas, kur “iespējami karavīru apbedījumi”.
Sandra Zirne uzsver, ka šur tur, tostarp Rīgā, arheoloģiskā izpēte reāli būs iespējama tikai būvniecības gaitā, nevis pirms, jo arheologi nevar saviem spēkiem, piemēram, norakt dzelzceļa uzbērumu, turklāt Rīgā jārēķinās ar pazemes komunikāciju esamību.
